Los arrecifes son ecosistemas que se forman a partir de las estructuras calcáreas de los corales. Ocurren en zonas de poca profundidad (no más de 40m de profundidad) en las que llega mucha luz de sol. La temperatura del agua en los arrecifes es de entre 20 y 28 °C. Son los ecosistemas marinos con la mayor diversidad y complejidad del planeta, además son los más productivos.

Los corales son organismos coloniales y sus pólipos pueden ser de diversos tamaños, viven juntos con gran comunicación lo que le permite tener un esqueleto único y tomar las formas más adecuadas para aprovechar la luz, las corrientes marinas y aguantar el oleaje. En México se conocen 63 especies de corales formadoras de arrecifes, 46 de ellas viven en el océano Atlántico y 17 en el océano Pacífico. Los corales formadores de arrecifes viven en asociación con microalgas conocidas como zooxantelas. Debido a esta simbiosis, los corales formadores de arrecifes pueden crecer más o menos un centímetro al año.

En los arrecifes se encuentran varias especies de corales (pétreos y blandos), algas, esponjas, equinodermos, peces, crustáceos, anélidos, poliquetos, anémonas y moluscos. Son ecosistemas muy coloridos. Los arrecifes son muy importantes desde muchos puntos de vista ya que albergan casi la cuarta parte de la vida marina que se conoce y son lugares importantes para la reproducción y cría de muchas de las especies comerciales de consumo humano. Además, sirven como protectores de las líneas de costa ante los embates de tormentas y huracanes y han abastecido a las comunidades costeras durante largo tiempo de materiales de construcción. No debe olvidarse también su valor estético, como sitio de recreo y científico.

En México se reconocen tres zonas de arrecifes coralinos: la costa del Pacífico (que incluye a Baja California, algunos de los estados costeros y a las Islas Marías y Revillagigedo), las costas de Veracruz y Campeche en el Golfo de México y la costa este de la Península de Yucatán (desde Isla Contoy hasta Xcalak, incluyendo al atolón de Banco Chinchorro)

Lla UNAM mantiene una estación de investigación en Puerto Morelos, Quintana Roo, en donde se trabaja mucho este ecosistema. Entre el tipo de estudios que se realizan está la búsqueda de compuestos medicinales en algas propias de este ecosistema

Los arrecifes son muy sensibles a variaciones de temperatura, salinidad y concentración de nutrientes. Las principales amenazas de los arrecifes son el desarrollo de infraestructura turística de alto impacto, la creación de nuevos asentamientos humanos y el desarrollo urbano de los existentes. La contaminación por residuos hoteleros, industriales, así como, la sobrepesca y la presión por malas prácticas turísticas y la extracción de organismos vivos como corales, peces y caracoles son amenazas que enfrentan estos maravillosos ecosistemas.